Princip stanovení mutací pomocí StripAssay® kitu je založen na ARMS (Allele Specific Amplification) technologii detekující bodové mutace nebo malé delece v DNA. Systém se zakládá na pozorování, že DNA/DNA hybridy pospojované "mismatched" (nedokonalé spárování) na jejich 3' konci nejsou vhodnými substráty pro působení Taq DNA polymerasy. Toto důležité pozorování bylo použito pro vývoj systému diferenciální amplifikace. ARMS test se sestává ze dvou samostatných reakcí, z nichž jedna je specifická pro normální DNA sekvenci a druhá pro sekvenci s mutací. Do jednoduchého ARMS testu musí být zařazena vnitřní PCR kontrola, aby byla jistota, že amplifikační reakce probíhá správně. Kit kombinuje několik ARMS reakcí do dvou multiplexových (několikanásobných) ARMS testů.
Celý proces je složen ze tří kroků: (1) izolace DNA, (2) PCR amplifikace s biotinylovanými primery, (3) hybridizace amplifikovaných PCR produktů na testovacím stripu (proužku), který obsahuje alelicky specifické oligonukleotidové sondy imobilizované na stripu ve vodorovných proužcích. Navázané biotinylované sekvence jsou poté detekovány pomocí streptavidin- alkalické fosfatázy a barevného substrátu tohoto enzymu.
Laboratoř provádí vyšetření 31 mutací CFTR genu. Pomocí kitu Elucigene-CF29 (Gen-probe) kvalitativně detekujeme 29 mutací včetně možnosti rozlišení mezi homozygotem a heterozygotem pro deltaF508 mutaci. Také dovyšetřujeme nejběžnější slovanskou mutaci CFTR dele2,3 (21 kb). Vyšetřované mutace zachytí více než 90 % všech mutací CTFR genu v české populaci. Test je schopen zachytit jak asymptomatické přenašeče (heterozygoty), tak postižené jedince (homozygoty).
- u pacienta s příznaky cystické fibrózy
- u příbuzných pacienta s cystickou fibrózou a detekovanými mutacemi v CFTR
- u partnera nosiče mutace před plánovaným těhotenstvím, případně v průběhu těhotenství
- u dospělých mužů s poruchou plodnosti
- prenatální diagnostika v případě partnerů heterozygotů pro mutaci v CFTR genu
- screeningové vyšetření dárců oocytů a spermií
z periferní krve / ze slizničního stěru z dutiny ústní
Delece faktoru AZF je jako patogenní faktor zahrnut v některých případech mužské infertility spojené s azoospermií či některými oligozoospermiemi. Oblasti Y chromosomu obsahující geny pravděpodobně zodpovědné za mužskou infertilitu, jsou označeny AZFa, AZFb a AZFc. Mikrodelece se vyskytují asi u 7,3 % infertilních mužů. Analyzována je AZF oblast (azoospermický faktor) na dlouhém rameni Y chromozomu. Zkoumány jsou oblasti AZFa, AZFb, AZFc. Z každé oblasti jsou vyšetřovány minimálně 2 STS lokusy (Single Tagged Site - amplifikace jednoho cílového místa). Příslušný postup zachytí cca 90 % delecí v AZF oblastech.
- porucha plodnosti u mužů - azoospermie nebo těžká oligospermie
- z periferní krve / ze slizničního stěru z dutiny ústní
